İdari olarak vergi daireleri, Gelir İdaresi Başkanlığı'nın taşra teşkilatı olan vergi dairesi başkanlıklarına bağlıdır. Vergi dairesi başkanlığı olmayan illerde ise defterdarlığa bağlıdır. Günümüzde vergi dairelerinin birleştirilerek; her ilde tek bir vergi dairesi oluşturulması yönünde çalışmalar yürütülmektedir.