Medreselerde ağırlıklı olarak Kuran, kıyas, icma, fıkıh, kelam gibi dini dersler okutulurken, Nizamiye medreselerinde hem pozitif bilimler hem de dini bilimler birlikte okutulmuştur. Bu eğitim sisteminde batinilik ve şiilik arasında fikri mücadele amaçlanmıştır.